RNA測(cè)序可以檢測(cè)人類和其他生物的基因表達(dá)情況。最近這一方法在生物科學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中非常流行，而且正在逐漸走向臨床應(yīng)用。與之前的方法相比，RNA測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是便于研究選擇性剪切形成的基因異構(gòu)體或轉(zhuǎn)錄本。

　　那么RNA測(cè)序到底可不可靠呢？日前，由美國(guó)FDA牽頭的測(cè)序質(zhì)量控制（SEQC）項(xiàng)目對(duì)RNA測(cè)序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評(píng)估，并將初步調(diào)查結(jié)果發(fā)表在近日的Nature Biotechnology雜志上。石樂(lè)明教授是這篇文章的通訊作者之一。

　　研究團(tuán)隊(duì)使用RNA參照樣本，在全球多個(gè)實(shí)驗(yàn)室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺(tái)上進(jìn)行了檢測(cè)。（深圳華大基因、復(fù)旦大學(xué)、華東師范大學(xué)等單位參與了這一項(xiàng)目。）研究人員主要是評(píng)估RNA測(cè)序在接頭區(qū)域和差異性表達(dá)譜中的表現(xiàn)，并將其與芯片和定量PCR（qPCR）進(jìn)行比較。

　　研究人員發(fā)現(xiàn)，所有測(cè)序深度都會(huì)出現(xiàn)未注釋的外顯子-外顯子連接區(qū)域，其中80%以上都得到了qPCR的驗(yàn)證。用RNA測(cè)序檢測(cè)相對(duì)表達(dá)可以得到準(zhǔn)確且可重復(fù)的結(jié)果，但RNA測(cè)序和芯片都不能提供精確的絕對(duì)測(cè)量，而且研究用到的平臺(tái)都存在基因特異性的偏好，包括qPCR。

　　數(shù)據(jù)分析的算法也會(huì)對(duì)RNA測(cè)序產(chǎn)生很大影響，不同算法生成的轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)差異很大。研究顯示，赫爾辛基大學(xué)和曼徹斯特大學(xué)開(kāi)發(fā)的BitSeq能生成最可靠的結(jié)果，這一方法以概率建模為基礎(chǔ)。

　　這項(xiàng)研究獲得的完整SEQC數(shù)據(jù)集擁有超過(guò)10Tb讀取，為評(píng)估RNA測(cè)序分析提供了寶貴的資源。