寡核苷酸,單鏈、雙鏈DNA,以及RNA可以定量溶于緩沖液,構(gòu)成核酸的嘌呤堿和嘧啶堿具有共軛雙鍵,使核苷核和核酸在紫外線(xiàn)光具有特征性的吸收光譜,最大吸收峰為260nm。窄光帶紫外分光光度計(jì),長(zhǎng)260nm.,比色杯光徑1cm,1個(gè)吸光度值(1A)相當(dāng)于50ug/ml雙螺DNA,40ug/ml單螺旋DNA或RNA),20 ug/ml寡核苷酸。
測(cè)試前,選擇正確的程序,輸入原液和稀釋液的體積,爾后測(cè)試空白液和樣品液。然而,實(shí)驗(yàn)并非一帆風(fēng)順。讀數(shù)不穩(wěn)定可能是實(shí)驗(yàn)者最頭痛的問(wèn)題。靈敏度越高的儀器,表現(xiàn)出的吸光值漂移越大。
原理紫外分光光度法基于DNA鏈上堿基的苯環(huán)結(jié)構(gòu)在紫光區(qū)具有較強(qiáng)吸收,DNA/RNA在260nm處有最大的吸收峰,蛋白質(zhì)在28Onm處有最大的吸收峰,鹽和小分子則集中在230nm處。因此,可以用260nm波長(zhǎng)進(jìn)行分光測(cè)定核酸濃度,OD值為1相當(dāng)于大約50ug/ml雙鏈 DNA,單鏈DNA濃度約為33ug l ml,RNA約為40ug/ml,寡核苷酸約為35ug/ml。如用1cm光徑,用 H,O稀釋DNA/RNA樣品n倍并以H,O為空白對(duì)照,根據(jù)此時(shí)讀出的OD260值即可計(jì)算出樣品稀釋前的濃度:
DNA (mg/ml ) =50×OD260 讀數(shù)×稀釋倍數(shù)/1000RNA (mg/ml) =40×OD260讀數(shù)×稀釋倍數(shù)/1000。
A280nm是蛋白和酚類(lèi)物質(zhì)最高吸收峰的吸收波長(zhǎng),比值可進(jìn)行核酸樣品純度評(píng)估:純DNA的A260/A280比值為1.8,純RNA為2.0。假如比值低,表示受到蛋白(芳香族)
或分類(lèi)物質(zhì)的污染,需要純化樣品。比值=1.5相當(dāng)于50%蛋白質(zhì)/DNA溶液。
A230nm是碳水化合物最高吸收峰的吸收波長(zhǎng),比值可進(jìn)行核酸樣品純度評(píng)估:純DNA和RNA的A260/A230比值為2.5。若比值小于2.0標(biāo)明樣品被碳水化合物(糖類(lèi))、鹽類(lèi)或有機(jī)溶劑污染,需要純化樣品。
A320nm或A340nm為檢測(cè)溶液樣品的濁度,該值應(yīng)該接近0.0。假如不足,標(biāo)明溶液中有懸浮物,需要純化樣品。
儀器及試劑
超微量分光光度計(jì)
比色杯
樣本DNA
雙蒸水
測(cè)定
1、將制備的DNA懸浮溶解于TE緩沖液中 pH8.0,10mmo1L的Tris緩沖液,內(nèi)含(1mmol/L EDTA)或懸浮溶解在滅菌水中(依據(jù)DNA含量加水)。
2、用可掃描的紫外分光光度計(jì)測(cè)定制備的DNA/RNA的紫外吸收曲線(xiàn),測(cè)定OD260和OD280,并計(jì)算比值:OD260/OD280,純 DNA的此比值約為1.8~2.0。純RNA的此比值
約為大于2.0。
3、根據(jù)每毫升1微克的純DNA的OD260值=0.020,計(jì)算所得 DNA的純度:每毫升1微克的純RNA的OD260值=0.025,計(jì)算所得RNA的純度。
注意事項(xiàng)
OD值范圍應(yīng)該在0.1~0.99之間,否則不符合上述線(xiàn)性關(guān)系。
A260/A280比值可提供DNA純度的一個(gè)參考,但A260/A280比值會(huì)受pH影響。如果未調(diào)pH,比值可能與實(shí)際差別很大。如果需要準(zhǔn)確數(shù)值,建議在10 mM Tris Cl,pH 8.5中檢測(cè),此時(shí)純凈的 DNA A260/A280比值應(yīng)為1.8-2.0(注意應(yīng)使用同樣緩沖液作為對(duì)照)
在測(cè)試時(shí),離子濃度太高,也會(huì)導(dǎo)致讀數(shù)漂移,因此建議使用pH值一定、離子濃度較低的緩沖液,如TE,可大大穩(wěn)定讀數(shù)。樣品的稀釋濃度同樣是不可忽視的因素:由于樣品中不可避免存在一些細(xì)小的顆粒,尤其是核酸樣品。這些小顆粒的存在干擾測(cè)試效果。為了最大程度減少顆粒對(duì)測(cè)試結(jié)果的影響,要求核酸吸光值至少大于0.1A,吸光值最好在0.1-1.5A。在此范圍內(nèi),顆粒的干擾相對(duì)較小,結(jié)果穩(wěn)定。從而意味著樣品的濃度不能過(guò)低,或者過(guò)高(超過(guò)光度計(jì)的測(cè)試范圍)。最后是操作因素,如混合要充分,否則吸光值太低,甚至出現(xiàn)負(fù)值;混合液不能存在氣泡,空白液無(wú)懸浮物,否則讀數(shù)漂移劇烈;必須使用相同的比色杯測(cè)試空白液和樣品,否則濃度差異太大;換算系數(shù)和樣品濃度單位選擇一致;不能采用窗口磨損的比色杯;樣品的體積必須達(dá)到比色杯要求的最小體積等多個(gè)操作事項(xiàng)。