AB Sciex和Illumina公司近日聯(lián)手推出OneOmics™ 計(jì)劃，其目的是在云計(jì)算環(huán)境中結(jié)合新一代蛋白質(zhì)組學(xué)（NGP）和新一代測序（NGS）的工具。作為此計(jì)劃的一部分，Illumina的應(yīng)用商店BaseSpace將托管AB Sciex的SWATH™ 蛋白質(zhì)組學(xué)云工具，這使得BaseSpace成為基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)“大數(shù)據(jù)”的一站式中心。

     SWATH™ 采集軟件采用非數(shù)據(jù)依賴的采集方法，能夠系統(tǒng)地生成完全的、高特異性的碎片離子全貌圖，通過使用目標(biāo)數(shù)據(jù)分析法可以查詢?nèi)魏胃信d趣的蛋白質(zhì)是否存在，并對(duì)其定量。傳統(tǒng)的“鳥槍法”蛋白質(zhì)組學(xué)測定不完整的蛋白質(zhì)，故難以重復(fù)，而SWATH™軟件解決了數(shù)據(jù)丟失的問題，第一次讓重復(fù)的蛋白質(zhì)組研究變得可行。

     據(jù)AB Sciex介紹，SWATH軟件能夠一次查看數(shù)千個(gè)蛋白質(zhì)，而幾乎不需要方法開發(fā)。如今有了云端的應(yīng)用程序，客戶處理數(shù)據(jù)的速度可提高50倍。AB SCIEX的總裁Rainer Blair表示：“OneOmics計(jì)劃將讓組學(xué)研究獲得更好的成果。我們已經(jīng)開發(fā)了四個(gè)SWATH app，來支持質(zhì)譜數(shù)據(jù)的處理、分析和查看?！?

     這四個(gè)應(yīng)用程序分別為：

     • Protein Expression Extractor – 處理原始的質(zhì)譜數(shù)據(jù)

     • Protein Expression Assembler – 蛋白質(zhì)折疊變化分析

     • Protein Expression Browser – 在生物學(xué)背景下查看結(jié)果

     • Protein Expression Analytics – 數(shù)據(jù)質(zhì)量審核

     近年來，NGP和NGS都在不斷產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。AB Sciex與Illumina這種伙伴關(guān)系能夠安全地存儲(chǔ)、檢索和管理大型的復(fù)雜數(shù)據(jù)集，并在生物學(xué)背景下查看它們，從而解決了生物醫(yī)學(xué)研究中的瓶頸。蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院的Ruedi Aebersold教授評(píng)價(jià)道：“利用這個(gè)平臺(tái)，研究人員能夠更快更高效地建立可預(yù)測、可行動(dòng)的疾病模型。它讓生物系統(tǒng)的多層析分析的重點(diǎn)從實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)獲取轉(zhuǎn)移到計(jì)算領(lǐng)域，讓大型數(shù)據(jù)集能夠全球共享?！?

     Illumina負(fù)責(zé)企業(yè)發(fā)展的高級(jí)副總裁Nicholas Naclerio表示：“這些新的蛋白質(zhì)組學(xué)工具為BaseSpace增添了系統(tǒng)生物學(xué)的能力，創(chuàng)建了一個(gè)易于使用的云計(jì)算環(huán)境，實(shí)現(xiàn)了快速的數(shù)據(jù)分析。如今，BaseSpace讓希望從系統(tǒng)水平了解生物學(xué)的任何人都能應(yīng)用信息學(xué)?！?